Sau chiến thắng Chi Lăng năm 1427, quân Minh bị thua và rút về nước. Chính quyền phong kiến bấy giờ có chính sách Dinh điền tức là nhà nước khuyến khích việc lập ấp, lập đồn điền và các công trình lấn biển khai hoang. Những người nông dân được trở về quê quán, cày xới ruộng đất bị bỏ hoang. Lúc đó một số người từ đất Lục Nộn, Nam Châu (nay thuộc huyện Duy Tiên, tỉnh Hà Nam), di chuyển vào vùng đất bồi ven đê Hồng Đức, lập ấp, đặt tên làng là Nộn Khê (vào năm Canh Dần - 1470, niên hiệu Hồng Đức nguyên niên, triều vua Lê Thánh Tông), để ghi nhớ quê cũ Lục Nộn và Côi Khê (là nơi gần chỗ ở mới đến). Nộn là non trẻ, Khê là khe suối. Nộn Khê nghĩa là dòng suối mới khai dòng còn non trẻ[1][2].

Ngày nay làng Nộn Khê, phía Bắc giáp làng Quảng Phúc (xã Yên Phong, Yên Mô), phía Đông giáp làng Quảng Từ (cùng xã Yên Từ, Yên Mô); phía Nam giáp thôn Dân Chủ và sông Đào, bên kia sông là làng Bình Hải (xã Yên Nhân, Yên Mô), phía Tây là sông Trinh và cánh đồng của làng, bên kia cánh đồng là làng Côi Trì (xã Yên Mĩ, Yên Mô).

Nộn Khê trước kia có nghề truyền thống là nghề làm ruộng và nghề thủ công dệt vải, ngày nay nghề thủ công đổi sang chế biến cói xuất khẩu (như dóc cói, khâu thảm (tapi), đan làn...). Ngoài ra, còn có nhiều người làm các nghề dịch vụ truyền thống khác, như gói bán giò trứng, mọc luộc (đặc sản Nộn Khê), v.v...